cleanup_merge_map.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # Copyright 2011-2014, Equinox Software, Inc.
   4 #
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9 #
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14 #
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA.
  18
  19 use strict;
  20 use warnings;
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 cleanup_merge_map.pl
  25
  26 =head2 SUMMARY
  27
  28 Little helper script used when consoldating
  29 multiple merge maps.
  30
  31 =cut
  32
  33 my %leads = ();
  34
  35 # load merge map
  36 while (<>) {
  37     chomp;
  38     my ($lead, $sub) = split /\t/, $_, -1;
  39     $leads{$sub}->{$lead}++;
  40 }
  41
  42 # run this twice to ensure that cycles are
  43 # excluded
  44 cleanup_map() foreach (1..2);
  45
  46 foreach my $sub (sort numerically keys %leads) {
  47     if (1 == keys(%{ $leads{$sub} })) {
  48         print join("\t", keys($leads{$sub}), $sub), "\n";
  49     }
  50 }
  51
  52 sub cleanup_map {
  53     foreach my $sub (keys %leads) {
  54         my @leads_to_prune = ();
  55         my @leads_to_add = ();
  56         foreach my $lead (keys %{ $leads{$sub} }) {
  57             if (exists($leads{$lead})) {
  58                 # lead bib itself is slated to be merged,
  59                 # so it's no longer going to be the direct
  60                 # lead for the current sub
  61                 push @leads_to_prune, $lead;
  62
  63                 # the current sub gets potential
  64                 # leads from its previous lead
  65                 foreach my $second_lead (keys %{ $leads{$lead} }) {
  66                     push @leads_to_add, $second_lead unless exists($leads{$sub}->{$second_lead});
  67                 }
  68             }
  69         }
  70         delete($leads{$sub}->{$_}) foreach @leads_to_prune;
  71         $leads{$sub}->{$_}++ foreach @leads_to_add;
  72     }
  73 }
  74
  75 sub numerically {
  76     return $a <=> $b;
  77 }