cleanup_merge_map.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # Copyright 2009-2012, Equinox Software, Inc.
   4 #
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9 #
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14 #
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA.
  18
  19 use strict;
  20 use warnings;
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 cleanup_merge_map.pl
  25
  26 =head2 SUMMARY
  27
  28 Little helper script used when consoldating
  29 multiple merge maps.
  30
  31 =cut
  32
  33 my %bad_subs = ();
  34 my %map = ();
  35 while (<>) {
  36     chomp;
  37     my ($lead, $sub) = split /\t/, $_, -1;
  38     next if exists $bad_subs{$sub};
  39     if (exists $map{$sub}) {
  40         $bad_subs{$sub}++;
  41         delete $map{$sub};
  42         next;
  43     }
  44     $map{$sub} = $lead;
  45 }
  46 foreach my $sub (sort keys %map) {
  47     print "$map{$sub}\t$sub\n";
  48 }
  49
  50