cleanup_merge_map.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 =head1 NAME
   7
   8 cleanup_merge_map.pl
   9
  10 =head2 SUMMARY
  11
  12 Little helper script used when consoldating
  13 multiple merge maps.
  14
  15 =cut
  16
  17 my %bad_subs = ();
  18 my %map = ();
  19 while (<>) {
  20     chomp;
  21     my ($lead, $sub) = split /\t/, $_, -1;
  22     next if exists $bad_subs{$sub};
  23     if (exists $map{$sub}) {
  24         $bad_subs{$sub}++;
  25         delete $map{$sub};
  26         next;
  27     }
  28     $map{$sub} = $lead;
  29 }
  30 foreach my $sub (sort keys %map) {
  31     print "$map{$sub}\t$sub\n";
  32 }
  33
  34